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In den Lebenswissenschaften im Allgemein und in der Bioinformatik im Besonderen ist die computergestützte Analyse von Forschungsdaten ein wichtiger Bestandteil der täglichen Forschungsarbeit. Die GWDG bietet eine Reihe von gehosteten Diensten, Lizenzservern, Rechenclustern und Programmen an, um Forschende hierbei zu unterstützen.
Galaxy ist eine webbasierte Open-Source-Software für die genomische Analyse, sowie die datenintensive biomedizinische Forschung im Allgemeinen. Die Plattform bietet die Möglichkeit, einzelne Werkzeuge zu sogenannten Workflows zusammenzustellen und mit Dokumentenhistorien zu arbeiten, um Ihre Daten zu organisieren und Ihre Forschung reproduzierbar zu machen. Workflows, Historien und Daten können sowohl intern als auch über Galaxy-Instanzen hinweg gemeinsam genutzt werden, was eine kollaborative Forschung ermöglicht.
Unsere gehostete Version bietet FTP-Transfer für große Datensätze, die Möglichkeit, alle erforderlichen Tools aus einem der zentralen Galaxy-Repositorien zu installieren oder selbst zu entwickeln, und bis zu 2 TB Speicherkapazität.
Die Plattform steht allen Nutzer*innen mit einem vollständigen GWDG-Konto offen. Falls Sie keine Zugriffsrechte haben, können Sie uns über ein Support-Ticket um eine Aktivierung Ihres Nutzerkontos für den Dienst bitten.
RStudio ist eine IDE (Integrated Development Environment) für die Programmiersprache R. Damit können Sie Ihre Analyseskripte interaktiv entwickeln und gleichzeitig von den Vorteilen einer IDE, wie z.B. der Autovervollständigung von Code, profitieren. Der Server bietet mit 48 CPU-Kernen und insgesamt 1 TB RAM üppige Hardwareressourcen für Ihre Programme. Die Home-Ordner werden gemeinsam mit dem SCC (Scientific Compute Cluster) genutzt, was bedeutet, dass Sie Ihre Arbeit einfach auf die nächste Stufe der Ressourcennutzung bringen können. Wir können Pakete, die Sie benötigen, aber noch nicht auf der Plattform vorfinden, zentral installieren.
Die Plattform steht allen Nutzer*innen mit einem vollständigen GWDG-Konto offen. Falls Sie keine Zugriffsrechte haben, können Sie uns über ein Support-Ticket um eine Aktivierung Ihres Nutzerkontos für den Dienst bitten.
Der Jupyter Hub ist ein Server für sogenannte Jupyter Notebooks, also für interaktive Code-Notizbücher in der Programmiersprache Python. Weitere Informationen entnehmen Sie bitte der Dokumentation.
RShiny ist ein Framework für die Entwicklung interaktiver Web-Applets in der Programmiersprache R. Diese interaktiven Webseiten sind in einer zunehmend multimedialen Welt eine ideale Ergänzung für die von Ihnen entwickelten Softwareprogramme. Der Server bietet die Möglichkeit, Ihre App mit bis zu 64 GB RAM kostenlos zu hosten.
Wenn Sie Ihre App bei uns hosten wollen, nehmen Sie bitte Kontakt mit uns auf. Derzeit werden Apps manuell von einem Administrator eingerichtet. Idealerweise sollte Ihre App bereits in einer Versionskontrollsoftware wie GitLab oder GitHub eingerichtet sein, was den Austausch von Code erleichtert.
Benötigen Sie eine reine Windows-Software, arbeiten aber normalerweise mit einem Linux- oder Mac-Betriebssystem? Oder wollen Sie ein kostenpflichtiges Programm nutzen, für das wir bereits eine Lizenz erworben haben? Dann ist der WinTSBio Server die richtige Lösung für Sie! Eine Reihe von Bioinformatik-Programmen sind bereits installiert (MaxQuant, Perseus, Proteome Discoverer, Geneious prime, Loupe Cell Browser und MeroX2.0), ebenso wie die unten genannten Statistikpakete. Wenn Sie über die GWDG Zugriff auf das Office-Paket haben (z.B. als Mitarbeiter*in der Universität Göttingen oder der GWDG), ist dieses ebenfalls über den WinTSBio Server hier verfügbar.
Für den Zugriff auf den Server ist eine Kontoaktivierung erforderlich. Bitte setzen Sie sich hierzu mit uns in Verbindung, indem Sie ein Support-Ticket eröffnen. Der Zugriff auf den Server kann über das Windows-eigene RDP erfolgen, oder über RDP-Clients wie z.B. Remmina für Linux-basierte Betriebssysteme. Für Informationen zu diesem und anderen Windows-Servern konsultieren Sie bitte die Dokumentation.
Wir bieten eine Reihe von Statistikpaketen (SAS, SPSS, Statistica, STATA) auf dem bereits erwähnten WinTSBio-Server an. Einige davon sind auch als Einzellizenzen erhältlich, die zwar kostenpflichtig, aber in der Regel mit Rabatten verbunden sind. Für weitere Informationen konsultieren Sie bitte die Dokumentation.
MASCOT ist ein Dienst zur Analyse von Massenspektrometrie-Daten von Proteinen. Benutzer*innen, die den Server nutzen möchten, müssen Ihren Nutzeraccount hierfür aktivieren lassen. Bitte setzen Sie sich mit uns in Verbindung, indem Sie ein Support-Ticket eröffnen.
Auf unserem Scientific Compute Cluster (SCC) stehen Ihnen eine Vielzahl an Softwarepaketen aus den Bereichen Bioinformatik- und Lebenswissenschaften sowie Simulationssoftware wie GROMACS zur Verfügung. Sie können Ihre Analyse in kleinem Maßstab auf unseren dedizierten Plattformen Galaxy oder RStudio beginnen und dann auf den SCC hochskalieren. In dieser Phase bieten wir Unterstützung bei der Skalierung von Arbeitsabläufen und Programmen auf den Cluster, Hilfe bei der Installation von Software usw. an.
Die GWDG bietet eine Reihe von Lizenzservern für die Validierung von lizenzpflichtigen Programmen an. Derzeit ist unser Hauptlizenzserver ein Lizenzpool für kostenpflichtige Geneiouslizenzen. Bitte senden Sie uns ein Support-Ticket, wenn Sie sich über den Zugang zu diesem Programm erkundigen möchten.
Bitte kontaktieren Sie uns, wenn Sie Fragen, Kommentare oder Vorschläge haben. Besonders willkommen sind Vorschläge für neue Dienste, die wir anbieten könnten, oder für Lizenzen, die wir zur allgemeinen Nutzung erwerben könnten, für langfristige Software- oder HPC-Projekte, die wir gemeinsam entwickeln könnten, sowie für Kurswünsche zu den derzeit angebotenen Diensten.
Bitte besuchen Sie auch unseren Science Blog, in dem regelmäßig Tipps und Tricks zu wissenschaftlichen Bereichen, einschließlich Biowissenschaften, veröffentlicht werden.
