EURExpress

Im großen europäischen Forschungsrojekt EURExpress (Förderung im Rahmen des 6. Forschungsrahmenprogramms durch die EU), an dem u. a. das frühere MPI für experimentelle Endokrinologie in Hannover, initiiert durch Professor Eichele, und das MPI für molekulare Genetik in Berlin beteiligt waren, wurden an verschiedenen Standorten in Europa große Mengen von Schnitten durch Mausembryonen erzeugt und die Aktivität von Tausenden von Genen in diesen Schnitten durch molekularbiologische Methoden sichtbar gemacht. Als Ergebnis entstanden mit Hilfe von automatisierten Mikroskopieverfahren große Mengen hochauflösender digitaler Bilddaten, die zur GWDG transferiert, dort weiterverarbeitet und gespeichert wurden. Wichtigstes Ziel des Projekts EURExpress war die Erstellung eines Internet-basierten Expressionsatlasses für das Genom der Maus, d. h. eine Kartierung der Aktivität der einzelnen Bestandteile des Erbguts.

Im Rahmen des vom MPI für experimentelle Endokrinologie in Hannover durchgeführten Vorläuferprojekts Genepaint wurden dazu bereits automatisierte Verfahren zur Genexpressionsanalyse entwickelt und erprobt. Außerdem wurde eine Web-Datenbank ( Genepaint) entwickelt, die es ermöglicht, die Bilddaten der wissenschaftlichen Gemeinde zugänglich zu machen. Eine weitere Verwendung der Bilddaten ist die Darstellung in der Datenbank des European Renal Genome Project (EuReGene).

Aufgabe der GWDG innerhalb des Projekts Genepaint war der Betrieb der Server, die zum Transfer der anfallenden Bilddaten nach Göttingen und zur Darstellung und Realisierung von Recherchemöglichkeiten in den gewonnenen Bilddaten notwendig sind. Diese Dienstleistungen wurden auch im Nachfolgeprojekt EURExpress weiter zur Verfügung gestellt.

Die am Projekt EURExpress beteiligten Institute lieferten Daten, die von der GWDG verwaltet wurden. Die Bilddaten wurden über das Internet übertragen und auf den Platten und Bändern der GWDG gespeichert. Die übertragenen TIF-Daten wurden für die Anzeige auf einer Website und für ein virtuelles Mikroskop in verschiedene Bildformate konvertiert. Diese zentral bei der GWDG durchgeführte Konvertierung lief automatisiert mithilfe des Batchsystems “Condor” ab. Damit wurde der Arbeitsaufwand in den beteiligten Instituten deutlich reduziert und die Einhaltung von Standards bei der Bildkonvertierung gewährleistet. Um die Qualität der Daten zu gewährleisten, wurden für die Prüfung des Transfers und der Konvertierung automatisierte Prüfroutinen eingesetzt. Zu Beginn der Projektphase wurden wöchentlich ca. 200 GByte Bilddaten geliefert, gegen Ende des Projekts hat sich das Datenvolumen auf 5 GB pro Woche reduziert. Der Datenbestand umfasste t ca. 35 TByte an TIF-Daten, iaußerdem ca. 5 TByte an konvertierten Bildern im FlashPix-Format sowie ca. 105 GByte im JPEG-Format. Das Projekt wurde in 2013 beendet.

Als Spin-off aus diesen Betätigungen hat sich das Projekt METscout entwickelt, das Daten aus GenePaint und EURExpress in den Zusammenhang metabolischer Netzwerke einordnete und über eine unabhängige, stark erweiterten Webapplikation der wissenschaftlichen Öffentlichkeit zur Verfügung stellt. Unter der Ägide von Professor Eichele wurde mit diesem Projekt die fruchtbare wissenschaftliche Zusammenarbeit zwischen dem MPIbpc und der GWDG fortgesetzt und finanziell gefördert.